Bấy giờ có quan Thị nội giám là Gia quận công người làng Thụy Bái, huyện Gia Định, phủ Thuận An ở Kinh Bắc, tòng quân vào đánh Thuận Hóa bị Phúc Tần bắt được, nhưng tha cho đồng ở Thuận Hóa, ban lương tháng để ra vào trong phủ dạy học nội cung. Gia quận công thấy Sư được trong nước dùng, đạo đức tinh nghiêm, phát tâm qui hướng thọ giáo học đạo, ngày đêm chuyên tâm cầu pháp. Bởi Gia quận công lo mình tuổi cao, đường sống chết gần kề, muốn gần gũi Sư thưa hỏi cho được lối đi sáng sủa. Dần dà ngày tháng trôi qua đã lâu, lúc nọ có kẻ ngoại đạo thấy Sư được ưu đãi hơn bèn sanh ganh ghét, tâu với chúa Nguyễn vu khống Sư tính trốn đi. Họ nói:

– Hai người thân tình quen biết nhau, Sư ngầm mưu với Gia quận công che chở cho ông trở về với chúa Trịnh.

Bấy giờ chúa Hiền nghe tâu liền sanh nghi bắt Sư và Gia quận công giao cho quan tra khảo, hơn bảy ngày rốt cuộc không có bằng chứng gì. Chúa Hiền bảo:

– Việc này tình ngay mà lý gian.

Bèn ra lệnh cho Sư về Quảng Nam cách kinh thành ba ngày đường.

Bởi lý do ấy, Sư quyết chí trở về Bắc thật sự. Sư ngầm dự bị một chiếc thuyền cùng hơn năm chục đồ đệ quyết tâm vượt biển ra Bắc. Lúc đó vào khoảng tháng ba mùa Xuân năm Nhâm Tuất (1682), Sư năm mươi ba tuổi. Về tới đồn Trấn Lao (Dinh Kiều) Sư đến yết kiến quan Đốc sư là Yên quận công Trịnh Na. Quan binh đón tiếp, Sư ở đây một tháng đợi Trịnh Na dâng sớ về triều tâu cho vua Lê hay. Bấy giờ chúa Trịnh Hoằng Tổ Tịnh Vương (Trịnh Tạc) sai quan Vệ tiếp Đường quận công đem năm chiếc thuyền đến đồn Trấn Lao đón hết thầy trò Sư về kinh tỏ bày mọi việc. Chúa sai Đường quận công đem thầy trò Sư về dinh, ngày ngày sai quan đến tra hỏi cốt cho rõ đầu mối tranh nhau giữa hai bên. Một quan Phụng sai – Thị nội giám Nhương quận công Tài quận công Tổng giao Tổng tể – hai vị Thượng thư là Vĩnh và Lê Hy, tra hỏi xong trở về phủ đợi lệnh. Qua một tháng thì dừng, tra thấy có sự quả chánh đáng rõ ràng, Sư trình đủ quê quán ở làng Áng Độ, huyện Chân Phúc, phủ Đức Quan, Nghệ An. Quan Phụng sai cho đòi người làng Áng Độ đến nhận thật.

Biết đúng lẽ thật rồi, chúa Trịnh cho mời Sư vào triều thăm hỏi và phong cho chức Vụ anh, hai vị đệ tử đi theo một người chức Ty sứ, một người chức Khố sứ. Đồng thời thưởng Sư ba trăm quan tiền, cấp khẩu phần mỗi năm hai mươi bốn lâu thóc, ba mươi sáu quan tiền, một tấm vải trắng, một phân phiến lịch. Đồ đệ mỗi người cũng được ban áo mão, cấp mỗi năm mười hai lâu thóc, mười hai quan tiền và vải, phiến lịch…, thành lệ.

Một hôm, Chúa sai Sư vẽ địa đồ hai xứ Quảng Nam và Thuận Hóa. Sư vâng lệnh vẽ rất đầy đủ rõ ràng, hai mươi mốt ngày thì xong, dâng lên Chúa. Chúa khen ngợi thưởng hai mươi quan tiền.

Khoảng tháng sáu đức Hoằng Tổ (Trịnh Tạc) mất, đức Chiêu Tổ lên thay. Chúa cho đưa Sư về ở nhà công quán trấn Sơn Tây. Qua tám tuần trăng, Chúa lại dời Sư về ở trấn Sơn Nam, thuộc quan Thiếu bảo tước Quận công trấn thủ. Lúc này Sư năm mươi lăm tuổi.