Sư thuở nhỏ đã thông minh tài giỏi, năm mười tám tuổi thi đỗ Hương tiến (Cử nhân) được chọn vào làm Văn chức trong phủ chúa Nguyễn. Sau lại bổ Sư ra làm Tri phủ phủ Triệu Phong (nay là tỉnh Quảng Trị). Năm Sư hai mươi lăm tuổi rất hâm mộ Phật pháp nên tìm vào học đạo với Thiền sư Viên Cảnh ở Lục Hồ, được đặt pháp danh là Huyền Cơ Thiện Giác, pháp tự Minh Châu Hương Hải. Sau Sư lại tìm đến Thiền sư Đại Thâm Viên Khoan để tham học.

Hơn ba năm sau, Sư từ quan xin xuất gia, rồi dong thuyền ra biển Nam Hải, trụ trên ngọn núi Tim Bút La, cất ba gian nhà tranh ở tu.

Sư ở đây chuyên tu thiền định và giới luật tinh nghiêm được hơn tám tháng, nhân dân cùng quan trưởng xa gần đều quí kính, tiếng tăm vang dội. Sau chúa Nguyễn nghe danh sai sứ ra đảo mời Sư về. Người đời thường truyền tụng lại lúc Sư sắp đắc đạo có nhiều câu chuyện rất linh dị.

Như nói khi Sư mới ra tu ở núi Tim Bút La này, gần đó có biển tên Ngọa Long Hải và đảo Đại Lãnh. Hai nơi này ít người đi đến và là hang ổ của ma quái. Chúng ma đã nhiều lần kéo đến ngăn trở sự tu hành của Sư, mà tâm Sư vẫn không lay động.

Một đêm vào lúc canh hai, những đồ đệ của Sư bỗng trông thấy một con ma lớn đen sì, cao chừng hai trượng (8 thước) xồng xộc chạy vào, một lúc rồi biến đi đâu mất. Đến cuối canh ba, bỗng có một con rắn lớn bò đến quấn chặt mình Sư, Sư không cựa động được, cố nhích mình lần tới bàn Phật, niệm chú Thần đao, một lát con rắn ấy biến mất.

Lại một hôm, đang giữa ban ngày bỗng mây đen kéo đến trước sân mù mịt, gió cuốn ầm ầm, cây gãy cát bay, mái nhà bung tốc, một lát mới hết.

Đến tháng thứ ba, lại một lần giữa đêm vắng, núi non yên tĩnh, bỗng nghe tiếng như ngàn muôn con mèo kêu ran lên một chặp.

Lại đến tháng thứ tám, một lần giữa canh vắng đêm khuya, Sư đang ngồi thiền trước điện Phật, hương đèn sáng choang, bỗng thấy quân ma vừa trai vừa gái đứng vây tứ phía, đứa cầm giáo, đứa cầm mác, đứa dắt trâu, đứa dắt ngựa, đứa dắt voi, nhiều thứ quái tượng. Sư cảm thấy đau bụng, mắt mờ không thấy ánh sáng của đèn, không thấy tượng Phật, chỉ thấy toàn ma tinh.

Lúc đó, Sư dùng hết sức trì chú, nhiều phương thức bí mật đều không linh nghiệm. Sư bèn lập chí Kim cang tưởng lửa Tam-muội, quyết đốt cháy thân mình và thiêu cả thế giới. Quả thấy rất linh nghiệm, một lát chúng ma biến đâu mất, cảnh sắc lại quang minh như trước. Song giữa đêm vắng núi yên không ai thấy biết.

Sáng ra, Sư cho rằng đất này là ác địa, khó giáo hóa được, bèn trở về quê cũ là làng Bình An Thượng, phủ Thăng Hoa xứ Quảng Nam. Sư bảo với bà con làng xóm rằng: “Chỗ đảo này từ lúc mở mang đến nay chưa được khai hóa, chính là ác địa, cung ma, khó mở đạo pháp.” Sư ở qua một tuần, chợt có người Mán đến cầu thỉnh, Sư hỏi người ấy:

– Ban đêm đến tìm tôi chắc là có duyên cớ gì cần tỏ bày?

Người Mán thưa:

– Cả thôn xóm của tôi có ba ngôi đền cũ ở núi Tim Bút La. Một miếu thần Cao Các đại vương, một miếu Phục Ba đại tướng quân, một miếu thần Bô Bô đại vương. Hôm Sư cụ về được bốn ngày, trong làng chợt thấy thần cả ba ngôi đền này đều phục đồng lên nói rằng: “Hôm nọ bọn ma tinh tác quái mấy lần làm não hại Pháp sư, chúng ta ngồi yên xem thử coi ai thắng ai bại. Chúng ta bỗng thấy Pháp sư biến hình biến tướng, chẳng biết ở đâu, khiến chúng ma tinh phải lui hết. Chúng ta thấy Pháp sư thật là đạo hạnh kiêm toàn. Vì vậy chúng ta rất thán phục Pháp sư ấy, nên báo cho dân làng biết hãy đi thỉnh Sư về trụ ở đây.” Bấy giờ mọi người trong làng nghe thấy việc như trên mới cho tôi vào thỉnh bạch Sư cụ về duyên do trước đó.

Khi ấy Sư nghĩ: “Việc bọn ma đã nép phục hiển nhiên rồi.” Nên sau đó Sư lại một phen cùng đệ tử xuống thuyền trở ra đảo Tim Bút La. Từ đây Sư ở chuyên tu hơn tám năm an ổn, không có gì chướng ngại. Sư được thần khen quỉ giúp, cảm ứng tự nhiên, Phật pháp thạnh hành, tiếng tăm vang khắp.

Một hôm, Thuần quận công trấn thủ Quảng Nam có bà vợ đau đã lâu mà không trị lành, nghe danh tiếng của Sư, ông cho người đến rước. Sư đến nhà lập đàn tụng kinh bảy ngày bảy đêm, phổ độ gia tiên và oan khiên thì bệnh bà lành mạnh. Cả nhà đều kính phục, đồng xin qui y với Sư, cộng lại là năm mươi người. Từ đây Sư đã có tín chủ. Xong việc, thí chủ đưa Sư trở lại đảo Tim Bút La.

Hơn nửa năm sau, quan Tổng thái giám là Hoa Lễ Hầu ở Quảng Nam mắc bệnh lao đã ba năm, thuốc men trăm thứ vẫn không khỏi, bèn từ quan về dưỡng già ở quê nhà. Lúc đó Thuần quận công đang trấn thủ Quảng Nam là người có nghĩa xưa với vị quan trên nên đến thăm hỏi. Hai ông nói chuyện về nguyên do bệnh, Thuần quận công kể cho Hoa Lễ Hầu về bệnh của vợ mình không ai trị khỏi, nhờ thỉnh vị Tăng ở đảo ấy gia trì kinh chú, được một tháng thì lành bệnh. Vì vậy nên xin Trưởng quan hãy đến đảo ấy cầu thỉnh cho được Sư hành trì pháp lực mong sẽ được mạnh chăng. Hoa Lễ Hầu nghe nói linh nghiệm cũng tin thật chẳng dối, liền cho Thuần quận công dẫn mười người lính và một chiếc thuyền đến chùa ở đảo thỉnh Sư tới dinh Hoa Lễ Hầu tại Quảng Nam trị hộ. Sư đến gặp Hoa Lễ Hầu hỏi han nguyên do bệnh từ bao giờ, Hoa Lễ Hầu đáp rằng:

– Bệnh đã ba năm không phương cứu chữa, mong Thầy từ bi có phương gì cứu giúp cho.

Sư bảo:

– Trưởng quan quyền cao chức trọng giết hại nhiều người, phải nương sức đại sám hối mới mong được an lành khỏi bệnh.

Hoa Lễ Hầu nghe theo lời Sư, thiết lập đàn tràng bảy ngày bảy đêm, phổ độ oan khiên, bệnh dần dần được bớt, đến một tuần trăng thì thân thể khỏe mạnh. Quyến thuộc lớn nhỏ trong toàn dinh đều qui y với Sư được hơn bảy mươi người. Sau đó Hoa Lễ Hầu về Thuận Hóa vào phủ chầu Chúa. Lúc này Dũng quốc công Nguyễn Phúc Tần, tục gọi là chúa Hiền (1648-1687) đang trị vì, Chúa hỏi thăm:

– Gặp thuốc nào, thầy nào, ai hay cứu khỏi cho ngươi?

Hoa Lễ Hầu thưa:

– Thần may mắn gặp bậc minh sư ở đảo tên Minh Châu, thỉnh về nhà trì tụng kinh chú, phổ độ oan khiên, nương nhờ sức Phật mới được mạnh khỏe như cũ.

Khi ấy Dũng quốc công sai Hoa Lễ Hầu thỉnh gấp Sư về kinh giúp nước. Một hôm Sư vâng chiếu về triều. Vào phủ chúa Hiền hỏi thăm:

– Nghe nói Sư ở núi có sức tu hành khổ hạnh, đến nhà người trừ được khỏi bệnh tật!

Chúa Hiền sai quan lập Thiền tịnh viện ở núi Qui Kính mời Sư ra ở đây chúc lành cho Vương gia, hộ trì quốc mạch.

Sư ở núi Qui Kính giáo hóa thạnh hành, bà Quốc Thái phu nhân cùng ba công tử là Phúc Mỹ, Hiệp Đức và Phúc Tộ đều xin qui y học đạo, tu hành tại gia. Quan quân cũng đồng qui y học đạo rất nhiều, gồm bảy mươi vị chánh quan, hơn một trăm vị phó quan, quân lính trong ngoài hơn một ngàn hai trăm vị.