Sư họ Phí tên Hoàn, quê làng Cổ Giao, quận Long Biên. Lúc đầu, Sư cùng bạn đồng học là Tịnh Không thờ Thiền sư Đạo Lâm chùa Long Vân làm thầy. Ngày ngày Sư thiết tha vì đạo, nên thâm nhập được huyền yếu. Đạo Lâm biết Sư là pháp khí, ban cho pháp hiệu là Tịnh Thiền và ấn chứng rằng:

Tịnh là trí tịnh tròn mầu

Thiền là tâm thiền lặng lẽ.

Đạo Lâm qua đời, Sư mới dạo khắp các thiền hội, tìm bạn đạo và học hỏi thêm. Đạo duyên thuần thục, Sư về quê nhà trùng tu ngôi chùa Long Hoa rồi trụ trì tại đây. Hằng ngày ngoài giờ tu tập thiền luật, mọi hoạt động Sư đều nhắm vào tâm niệm lợi tha.

Năm Thiên Tư Gia Thụy thứ tám (1193) nhằm năm Quí Sửu, ngày 12 tháng 8, Sư tịch, thọ bảy mươi ba tuổi. Môn đệ là Pháp Ký soạn văn bia chùa ghi rằng:

Sư sanh đồng thời, họ Lý trị đời,

Sáu độ đâu quên, tứ hoằng nào bỏ.

Chỗ uống trà, là chỗ thập phương thí chủ dồn về,

Khi chống tích, bốn bộ học đồ qui tụ.

Thần thông khó lường, huyền dụng khôn xét.

Tự chẳng đến trường Phật giác thì đâu thể nêu cao thắng nghiệp.

Thực là vầng trăng báu trong bầu trời, là hoa pháp của linh hồn xóm làng…

(Sư sanh đương Lý nhật xuất trị minh thời.

Lục độ ninh vong, tứ hoằng vật xả.

Hương bôi phù xứ, thập phương tín chủ ba tùy.

Tích trượng chấn thời, tứ bộ học đồ vụ tập.

Thần thông cự trắc, huyền dụng nan lượng.

Tự phi phó Phật giác tràng, an năng du dương thắng nghiệp.

Chân sở vị: Thích thiên bảo nguyệt, pháp uyển hồn thôn…)